Para outros caras desafortunados como o meu, você precisa modificar a variável de ambiente LOG_DIR (testado para o Kafka v0.11 ).
Se você abrir o script kafka-server-start ou /usr/bin/zookeeper-server-start , verá na parte inferior que ele chama kafka-run-class script. E você verá que usa LOG_DIR como a pasta para os logs do serviço (não confundir com os dados dos tópicos do kafka).