Encontrei minha resposta depois de mais pesquisas sobre um Microsoft KB:
Durante a instalação, a maioria dos componentes principais do IIS e os arquivos de configuração são colocados dentro da pasta% windir% \ system32 \ inetsrv. O diretório Inetsrv é considerado o diretório de instalação principal do IIS. Foi relatado que algumas ferramentas de verificação de segurança não-Microsoft sugerem que o IIS deve ser instalado em uma unidade que não seja do sistema para fins de segurança. Esta não é uma avaliação correta. O IIS é um componente central do Windows e não pode ser instalado em uma unidade que não seja do sistema.
Também há relatos de sugestões para mover o diretório Inetpub para uma unidade que não seja do sistema por motivos de segurança. O diretório Inetpub é o diretório de conteúdo da Web padrão e também atua como um espaço reservado para logs e arquivos temporários. A maioria dos locais da subpasta Inetpub pode ser reconfigurada com base em suas necessidades e requisitos de negócios, no entanto, a pasta Inetpub inicial e as subpastas nunca devem ser renomeadas ou excluídas. Isso ocorre porque, em algum momento, o Windows Servicing precisa atualizar um ou mais dos principais arquivos do IIS armazenados em% systemdrive% \ inetpub. Não há suporte para a movimentação da estrutura da pasta Inetpub da unidade do sistema.