Redirecionamento de pastas bem documentado em Technet
Sobre a precedência das chaves de registro você pode ler :
The entries in this subkey can appear in both the Shell Folders subkey and the User Shell Folders and in both HKEY_LOCAL_MACHINE and HKEY_CURRENT_USER. The entries that appear in user User Shell Folders take precedence over those in Shell Folders. The entries that appear in HKEY_CURRENT_USER take precedence over those in HKEY_LOCAL_MACHINE.
Sobre a compatibilidade retroativa : aqui escrito que Windows 2000 (e acredito que versões posteriores também - o documento é bastante antigo) não use as teclas " Shell Folders " - é feito para a compatibilidade do NT 4. A documentação antiga para desenvolvedores eu encontrei um aviso para não usar as chaves " Pastas Shell ". Agora, esta documentação não está mais disponível no MSDN.
Na minha instalação do Windows 10, há a chave de registro HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Shell Folders\!Do not use this registry key
com valor: "Use a função SHGetFolderPath ou SHGetKnownFolderPath"
Mais sugestões sobre o tópico em post de blog realmente antigo .