Esse "Welcome" me faz suspeitar que o nginx não está lendo o cabeçalho Host
na solicitação e a resposta é a definição do host virtual padrão (que é a mensagem de boas-vindas).
Remova seu vhost padrão, no debian deve estar:
rm /etc/nginx/sites-enabled/default
Em seguida, adicione default_server
à sua definição de vhost do site:
listen 80 default_server;
listen 443 ssl default_server;
Recarregue: nginx -s reload
Teste com ondulação:
curl -H "Host: mysite.com" mysite.com
curl mysite.com
O primeiro pedido está enviando o cabeçalho do host, o segundo não. Ambos devem retornar o mesmo becase mysite.com é o padrão agora para as portas 80 e 443 (um default_server para porta).
Isso é como um método de força bruta, uma maneira mais inteligente seria depurar as solicitações, se tudo estiver configurado corretamente, isso não deve acontecer.