Como @Michael Hamption disse, certifique-se de que o MySQL não esteja em execução.
Basta executar ps -ef|grep mysql[d] ou service mysqld status para ver se ainda está sendo executado.
Tente pará-lo com um desses comandos:
- serviço mysql stop
- desligamento do mysqladmin
- pkill mysql [d]
Quando tiver certeza de que o serviço MySQL não está em execução, inicie-o e verifique os logs novamente.