Use o Powershell. No Windows Server 2008 R2, você pode usar o seguinte código:
$x = New-Object -ComObject("Schedule.Service") ; $x.Connect() ; $x.GetFolder("\CustomTasks").GetTasks(1) | % {$_.XML | Out-File "C:\temp\$($_.Name).xml"}
Isso exportará todas as tarefas da pasta "CustomTasks" para a pasta C: \ Temp e os nomes dos arquivos serão "WhateverTheTaskNameIs.xml".
Para o Windows Server 2012 e posterior, você pode usar os cmdlets Get-ScheduledTask
e Export-ScheduledTask
.