É fácil executar um comando em um novo painel, simplesmente:
tmux new-window your command ENTER
A questão é que a janela é destruída assim que o comando termina. Portanto, "tmux new-window ls ENTER" não faz sentido. Em contraste, "tmux new-window top ENTER" ou "tmux new-window watch ls ENTER" parece muito mais razoável.