Descobrimos isso. Talvez um pouco óbvio, mas nos confundiu por um tempo.
Um usuário que não viu as outras opções não verificou o Team Project no Team Explorer.
Team Explorer- > Gerenciar conexões- > Gerenciar conexões- > Conectar ao projeto de equipe.
É estranho que eles pudessem ver Alterações, Ramificações, Sincronização e Configurações. Provavelmente porque o projeto usa o git e essa é a informação que o Visual Studio pode obter da pasta Git, ele não precisa obtê-lo do servidor TFS.
O segundo usuário que não viu as outras opções DID fez com que o projeto fosse verificado no Team Explorer. Desmarcando-o e, em seguida, verificando-o novamente corrigiu.