No comando FOR você precisa escapar não apenas dos parênteses, mas também do mod (por cento). Os parênteses escapam com ^ , a porcentagem em % . Observe que isso só funcionará em um arquivo em lotes, não na linha de comando.
FOR /F %%i IN ('powershell ^(new-timespan -start 01/01/2000 -end ^(get-date^)^).days %% 14') DO (
SET doc=%%i
)
ECHO %doc%