Mesmo que esteja ecoando os parâmetros de dependência com aspas, a mensagem de erro faz parecer que o fpm está perdendo aspas em seus nomes de dependência em algum lugar, pois parece estar tentando usar ./(>=
como um arquivo. Experimente
DEPS=(
'"libio-prompt-perl (>= 0.997002-1)"'
'"perl-doc (>= 5.18.2-2ubuntu1.1)"'
'"liburi-escape-xs-perl (>= 0.11-1)"'
'"libjson-perl (>= 2.61-1)"'
'"libhttp-message-perl (>= 6.06-1)"'
'"libwww-perl (>= 6.05-2)"'
)
para adicionar uma camada extra de aspas e ver se isso ajuda.