Depois de executar o Process Monitor com o filtro de registro, descobri o valor do registro que estava mudando quando diferentes configurações eram aplicadas.
Localização: HKCU\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Advanced
Nome do valor: MMTaskbarMode
Dados do valor: 0-2
0 - All taskbars
1 - Main taskbar and taskbar where window is open
2 - Taskbar where window is open