Encontrei a solução em É possível configurar o PHP-FPM com diferentes opções de pool (xdebug ativado / xdebug desativado)
Eu crio o segundo pool PHP-FPM com
php_admin_flag[xdebug.remote_enable]=on
na configuração e caminho do soquete diferente, é claro.
Na seção de localização de configuração do host Nginx, eu posso escolher o soquete com ou sem xdebug para location{...}