Você está, acredito, condenado (em geral). A hiera_array
documentação menciona especificamente que os valores retornados são uma "matriz simplificada". Clarifica ainda mais a situação:
If any of the matched values are arrays, they’re flattened and included in the results.
Agora, se o seu exemplo é preciso quanto à estrutura, e cada um dos seus arrays tem garantia de ter quatro elementos escalares, você pode fazer alguns hacks para levar o array a quatro elementos por vez e "reconstruir" a estrutura original. Eu não sei de uma função interna para fazer isso, mas uma função de analisador personalizada para agrupar os elementos em grupos de quatro não seria difícil de escrever.