Você tem cada um em seu próprio arquivo em / etc / apache2 / sites-available e um link simbólico para / etc / apache2 / sites-enabled /?
site1.conf
<VirtualHost *:80>
DocumentRoot /dir/dir/
ServerName site1.domain.com
<Directory /dir/dir/>
allow from all
Options +Indexes
</Directory>
<Directory "/dir/dir/cgi-bin">
</Directory> ScriptAlias /cgi-bin/ /dir/dir/cgi-bin/
</VirtualHost>
site2.conf
<VirtualHost *:8888>
DocumentRoot /dir/dir/
ServerName site2.domain.com
<Directory /dir/dir/>
allow from all
Options +Indexes
</Directory>
<Directory "/dir/dir/cgi-bin">
</Directory> ScriptAlias /cgi-bin/ /dir/dir/cgi-bin/
</VirtualHost>