Nada é melhor que uma leitura da documentação do Robocopy .
Para cobrir todos os seus objetivos usando o Robocopy, estou certo de que você precisaria preparar os arquivos de alguma forma primeiro. Como identificar arquivos que não devem ser sobrescritos e ser criativos na configuração / desconfiguração de algum atributo ou na inclusão / inclusão de uma string no nome do arquivo, qualquer um dos quais o robocopy possa identificar e agir. E assim por diante. Então, múltiplos passes seriam uma consequência da escolha do Robocopy, acredito.
Pelo som da sua descrição, você tem certeza de que não está realmente procurando por uma ferramenta de backup (como rdiff-backup apenas para nomear uma possibilidade) ou uma solução personalizada de script em vez de uma ferramenta de cópia de arquivo simples?
A questão que permanece é por que você tem um requisito para sobrescrever arquivos idênticos onde você poderia simplesmente fazer uma cópia completa, então copiar as mudanças enquanto preserva o histórico (da maneira mais desejável para você)?