Você pode configurar uma autoridade de certificação da Microsoft, mas isso provavelmente não funcionará para o que você está tentando realizar. Um servidor Microsoft Certificate pode ser usado para assinar o código para uso dentro de sua rede, pois você pode ter todas as máquinas confiáveis na autoridade de certificação. Isso não ajudará os outros a confiar em seu aplicativo como o desenvolvedor sem ser assinado por um provedor como a Verisign.
Aqui está uma postagem sobre como assinar aplicativos do Windows 8 com uma PKI interna, mas isso funciona novamente para aplicativos internos, não externos. link