Procure na lista de processos completa da coluna "Host" dessas conexões:
show full processlist\G
Pegue o host e a porta de uma dessas conexões.
Em seguida, envie o SSH para o servidor de origem e pesquise qual processo fez esta conexão:
netstat -ntp |grep :theport
No final da linha, você terá o nome pid / process do seu script.