Eu tive um problema semelhante, e não tenho certeza se isso vai resolver o seu problema, mas para mim foi devido a uma nova versão do python-future que saltou a fila no meu caminho (à frente do núcleo python configparser ) e, em seguida, se deparou com problemas.
O que resolveu o problema para mim foi remover o arquivo configparser.py desse diretório, já que esse não era o configparser que virtualenv está procurando.
Para ser justo, acho que esse problema foi introduzido em uma versão mais recente do futuro (e é por isso que eu tive um erro diferente de você), mas imagino que, dado o caminho do rastreamento, o problema ainda se origina de executar em um módulo configparser que virtualenv não espera estar lá.
Eu sou preenchendo um problema com as python-future pessoas, mas fora isso, eu realmente não sei como resolver esse problema além de eliminar a versão de configparser de sua posição no caminho. Infelizmente, isso também atrapalha a capacidade do futuro de permitir a equivalência entre as declarações de importação em python2 e python3.
Espero que isso ajude!