Com base na descrição do seu problema, parece que o Netbeans inclui um cliente ssh que suporta apenas esses algoritmos de troca de chaves mais antigos que as versões modernas do servidor OpenSSH não têm ativado por padrão.
O cliente ssh normal instalado em seu sistema, no entanto, suporta algum algoritmo de troca de chaves que é ativado por padrão no servidor OpenSSH.
Sem sequer investigar, acho que seria razoável supor que a mudança de algoritmos habilitados foi provavelmente feita por um motivo e que você provavelmente está fazendo uma troca de segurança ao reativar esses algoritmos para aumentar a compatibilidade.
Analisando o commit relevante , parece que essa suposição está correta.