Seria bom conhecer o sistema operacional (Linux? Qual distro?). Mas este provavelmente funcionará na maioria deles:
fgrep -rl '<?php ${"\x47\x4cO\x42A\x4c\x53"}["cgw\x71\x77\x77\x64\x79q"]' * |xargs echo rm
Eu também concordo com o BE77Y, você deve verificar como esses arquivos estão aparecendo no seu servidor.