Encontrou o problema. Eu não estou usando o RVM /home/deploy/.rvm/wrappers/ruby-2.1.2/ruby: no meu /etc/nginx/nginx.conf eu tive
passenger_ruby /home/deploy/.rvm/wrappers/ruby-2.1.2/ruby;
Mas eu precisava ter:
passenger_ruby /home/deploy/.rbenv/shims/ruby;