Você está instalando o pacote errado. O Chrome usa seu próprio flash. Chama-se PepperFlash.
Não exclua ~/.config/google-chrome/PepperFlash
Ou instale o PepperFlash editando gksudo gedit /etc/apt/sources.list
e adicionando estas linhas:
deb http://archive.canonical.com/ubuntu your_ubuntu_version multiverse
deb-src http://archive.canonical.com/ubuntu your_ubuntu_version multiverse
Não se esqueça de apt-get update && apt-get upgrade
e instale o pacote apt-get install pepperflashplugin-nonfree