O que você deseja fazer nos termos do AD é definir um userPrincipalName personalizado para cada usuário no diretório, não renomear o domínio; domínios não podem ser renomeados sem mudanças significativas no AD (veja a ferramenta RENDOM) e eu não acredito que exista um equivalente para o samba.
Eu não acredito que o Samba 4 apóie isso, então, a menos que eu esteja errado, você terá que "migrar" as contas de usuários, o que significa criá-las todas de uma nova instância de um novo domínio samba com o nome correto.