Sim. Você desejará parar o processo secundário do mongo, comentar os parâmetros de configuração da réplica (replSet, keyFile, etc), iniciar o processo do mongo e, em seguida, efetuar login e executar o reparo. Uma vez concluído, interrompa o processo do mongod, altere a configuração de volta para as configurações originais e inicie o mongod. Isso pressupõe que você tenha uma implantação de três membros com votação correta, etc.
Outra opção é simplesmente ressincronizar o secundário (o seu oplog é longo o suficiente):