Não se preocupe em separar todos os ARGs -a em ARGs separados no conf Nagios. Você vai ficar louco com as citações. Para simplificar, torne o seu command_line
algo como:
$PLUGINSDIR$/check_nrpe -u -t 30 -H $HOSTADDRESS$ -c $ARG1$ -a $ARG2$
E, em seguida, use assim:
check_command check_nrpe!check-worker-count!worker-name 12 90 80
Pelo menos, é assim que você faria em Nagios / Icinga. Deve ser o mesmo para Shinken.