Eu tenho um problema parecido com algumas configurações e resolvi isso. Tente obtê-los de:
/usr/share/doc/fail2ban/dist-config
Você pode copiar jail.conf e fail2ban.conf para /etc/fail2ban
Há outras muitas outras fontes nas pastas action.d/
e filter.d/
e você pode copiar na pasta /etc/fail2ban/
correspondente (como você disse).