Consegui resolver isso.
Primeiramente, criei os compartilhamentos no namespace.
Em segundo lugar, no meu grupo de replicação única, comecei a criar novas pastas replicadas.
Apontei a pasta replicada para a pasta raiz do meu compartilhamento na unidade de cada servidor.
Depois de criar um Target autônomo no Namespace e uma Replicated Folder autônoma, eu poderia vinculá-los clicando com o botão direito do mouse na minha Pasta Replicada na seção Replicação, escolha compartilhar e publicar no Namespace (ele realmente detectou os compartilhamentos para mim em ambos os servidores nesta fase).
Neste ponto, a Pasta Replicada e a Pasta de Destino estavam vinculadas como se eu tivesse feito o inverso.