tl: dr: Há uma diferença, mas geralmente tão pequena que não vale a pena se preocupar.
Na maior parte, os contêineres podem usar a CPU e a RAM completas do sistema host. Há um pouco de sobrecarga de CPU para realmente executar um contêiner, mas é pequeno o suficiente para ser considerado como zero. O uso de RAM está no mesmo barco. O servidor docker requer uma certa quantidade de CPU e RAM. Ambos são muito pequenos quando comparados com a execução do aplicativo em uma VM.