Ele reconstrói o índice de pacotes usados para listar pacotes e aplicativos em Adicionar / Remover Aplicativos e no Synaptic.
E sim, isso pode ser um problema, especialmente para computadores antigos.
Se você quiser desativá-lo, isso é o que funcionou para mim, como eu me lembro:
sudo chmod 644 /etc/cron.weekly/apt-xapian-index
Isso torna o arquivo não executável.
Verifique este link para mais informações e outras soluções.