A melhor prática é evitar qualquer tarefa de linha de comando em um contêiner Docker, a melhor maneira de colocar seus contêineres nginx em funcionamento exatamente como esperado é criando uma imagem personalizada e ADICIONANDO seu arquivo de configuração no Dockerfile da imagem.
Você pode encontrar uma descrição detalhada sobre como criar sua imagem personalizada com configuração personalizada aqui .