Por algumas respostas a essa pergunta SO , o php registra no servidor Apache padrão log (error.log) como você já notou. Você pode definir as configurações do log do php da seguinte forma:
<VirtualHost *:443>
ServerName example.com
ServerAlias www.example.com
# *snip*
ErrorLog ${APACHE_LOG_DIR}/example.com_error.log
LogLevel warn
CustomLog ${APACHE_LOG_DIR}/example.com_access.log combined
php_flag log_errors on
php_flag display_errors on
php_value error_reporting 2147483647
php_value error_log ${APACHE_LOG_DIR}/php.error.log
</VirtualHost>
Como alternativa, uma resposta nessa pergunta de SO mencionou a desativação completa da diretiva error_log
no php.ini para fazer login nos registros do host virtual relevante, por exemplo, %código%.