Para referência futura, os diagramas são imensamente úteis para esses tipos de perguntas - no entanto, acho que entendo o que você está tentando fazer. Também é útil se você explicar o que você quer fazer (seus objetivos) junto com o que você fez. Se a minha resposta não for relevante, forneça um diagrama e informações sobre seu comutador virtual do Hyper-V e ajustarei o fogo para afetá-lo.
Setting up the 3rd interface for LAN1 I have somehow un-intentionally created a broadcast storm or something and stopped almost all LAN1 traffic
Se você tem problemas de loop eu sinto muito por você filho, eu tenho 99 problemas, mas um switch não é um. Você configura um loop de camada 2 em LAN1. Os Comutadores Virtuais do Hyper-V são tão suscetíveis aos loops de Camada 2 quanto os comutadores comuns. Quando você adicionou a terceira interface da sua placa Intel Quad Port à LAN1, adicionou um segundo caminho entre o D-Link Switch e o seu Comutador Virtual do Hyper-V.
Dependendo da sua meta final, você deverá configurar o agrupamento de NICs, um comutador de Hyper-V separado, VLANs ou apenas o passthrough da interface para um convidado.