Ao preencher o disco, a VM foi totalmente provisionada , não? Você não recupera esse espaço a menos que zere o espaço livre e execute potencialmente uma operação de armazenamento baseada em VMware ...
Veja:
Como reduzir um disco virtual do VMware (vmdk)
Com o ESXi eo Windows Server 2008, o tamanho provisionado de um disco pode ser reduzido?