Eu acho que o seu site é apoiado por um banco de dados MySQL, que tem uma ou mais consultas que são tão complexas ou tão mal escritas que estão fazendo spool através de mais dados do que o servidor pode manipular. Ou isso, ou as consultas são inteiramente razoáveis e é o servidor que foi mal especificado / configurado.
De qualquer maneira, eu diria que o MySQL está ficando sem memória e está escolhendo colocar os dados temporários em uma tabela no disco. Se o servidor também estiver mostrando falta de RAM disponível, é provavelmente um sinal de que uma atualização de RAM é necessária. Se a RAM do servidor parece OK, é provavelmente um sinal de que o MySQL não está configurado de forma ideal para usar a RAM disponível.
De qualquer forma, eu diria que seu primeiro passo deve ser entrar em contato com seu DBA. Solicite que ele (a) examine a atividade de banco de dados em andamento para consultas mal executadas e uso de espaço de alta temporização.
Claro, se você for o DBA, então link pode ser um bom lugar para começar.