Porque você está olhando diretamente para o conteúdo do sistema de arquivos através do gerenciador de arquivos, que não segue totalmente a especificação do Arquivo do Desktop XDG para apresentar esses arquivos para visualização.
O Rhythmbox tem um arquivo secundário .desktop que é para um serviço secundário, e este arquivo especifica que ele deve ser escondido dos menus, no entanto você está olhando diretamente para alguns dos sistemas de arquivos, e não dos menus.
Da mesma forma, a ferramenta Propriedades do Software possui alguns arquivos .desktop para executá-los de maneira ligeiramente diferente em diferentes ambientes, e o secundário especifica que deve ser ocultado dos menus. Mas você não está olhando para um menu.
Isto não é um problema, e completamente normal, mesmo para uma instalação completamente nova do Ubuntu, ou para a maioria das distribuições Linux.