A exclusão de um instantâneo pode causar um impacto no desempenho da sua camada de armazenamento, especialmente se houver muitas gravações no convidado durante o processo. Se você pode fazer isso quando estiver desligado, não há gravações, obviamente, então faça isso.
Em relação ao espaço: "A partir da Atualização 2 do ESX4.0, o mecanismo de instantâneo foi alterado. O VMware ESX agora incorpora procedimentos de consolidação aprimorados que diminuem a demanda de espaço livre. Você pode consolidar discos delta de máquina virtual mesmo com espaço livre mínimo no seu armazenamento de dados está disponível. "