Eu sugeriria usar um arquivo PRF personalizado para as configurações e implantá-las. Desta forma, você pode mantê-lo para o futuro e editá-lo e reimplantá-lo, se necessário. Você pode implantá-lo via GPO ou script.
Você pode encontrar mais informações sobre o arquivo PRF e personalizar o Outlook aqui: link
No entanto, dito isso, eu fui e olhei ao redor e encontrei este post sobre o uso do Powershell com algum código do Codeplex. Na verdade, é muito legal, então estou marcando-o para referência futura. Veja aqui: link