Não parece que uma atualização in-loco esteja disponível, e sim que você precisa migrar. O mesmo que no SBS 2011 para 2012 Essentials.
Veja aqui: link
No inplace upgrade.
You will need to migrate from 2012 to 2012 r2 by installing R2 in migration mode and copying data/can't copy backups over, decommissioning the old box.
e o artigo "oficial" da Microsoft Technet aqui: Migrar das versões anteriores para o Windows Server 2012 R2 Essentials