Kernel OOM só entra em ação quando considera que os recursos estão realmente apertados ... então você deve estar ficando sem memória, mas o gráfico não faz muito sentido então.
O que free -lm
mostra?
Além disso, o que cat /proc/meminfo
mostra?
Em termos de um gatilho para o problema, algum processo de manutenção ou outro trabalho do cron corre ao redor desta vez que pode estar fazendo consultas onde o mysql precisa manter tabelas temporárias na memória?
BTW ... isso é uma versão de 32 bits do sistema operacional? Apenas imaginando se sua memória fraca está esgotada.
EDIT 1 Está bem. Bem, o mysqld será o processo que mais consumirá memória, de modo que é mais provável que esteja sendo escolhido. Verifique sua configuração do apache para ver como os threads de trabalho que você está gerando ... cada um terá uma sobrecarga de memória e é possível que, quando mais spawn, você fique sem memória, já que não há espaço de troca. Verifique seu parâmetro MaxClients ... se você tiver mais de 50 (apenas uma estimativa), esse pode ser um bom lugar para procurar. Eu recomendo dar uma olhada no Ajuste de desempenho do Apache .