Implemente a limitação de taxa nas conexões enviadas do seu roteador para os endereços internos na porta 2398 (Skype).
No Linux, não é nada grosseiro. Você usaria um limitador de taxa na sua cadeia FORWARD assim:
iptables -A OUTPUT -p tcp --dport 2398 -o eth1 -m state --state NEW \
-m recent --set
iptables -A OUTPUT -p tcp --dport 2398 -o eth1 -m state --state NEW \
-m recent --update --seconds 60 --hitcount 4 -j DROP
Windows? Desculpa. Deixado como um exercício para o leitor, mas as peças estão lá ^