A menos que você use o iptables ou similar no lado do servidor ou configure os clientes para ignorar o proxy, todos os http, ftp, etc. o tráfego passará pelo proxy.
Assumindo isso, você pode definir alguns acls que forçarão algum tráfego específico a ser "DIRETO".
Aqui você pode ver um código de exemplo do squid.conf:
acl directdomains dstdomain "path/to/acl/file"
http_access allow directdomains
always_direct allow directdomains
O arquivo acl deve conter algo como:
.youtube.com
Mais uma opção é usar um 'arquivo de configuração automática de proxy' para seus clientes, você pode até configurá-lo via dhcp.
Espero que ajude.