As implicações são que existe o potencial para a política de grupo, ou outros processos que dependem da estrutura da UO no AD, para fazer alterações não uniformes nos membros do cluster. As melhores práticas são tê-las na mesma OU, e leva apenas um momento para corrigir, por isso peço ao seu cliente para movê-las para a mesma UO.
Além disso, a Microsoft também suporta Clusters de Failover somente quando o cluster passa em todos testes de validação. Isso por si só deveria ser motivo suficiente para soltá-los na mesma OU.