Você não precisa hospedar seu DNS com o registrador que você usa. Registrar a zona e atuar como host da zona são dois serviços separados. Existem muitos serviços no mundo pelos quais você pode pagar para hospedar sua zona ou atuar como secundários em sua zona.
Por exemplo, uma organização que eu conheço tem seu domínio registrado através do GoDaddy, e a zona é hospedada principalmente no dyn.com, mas eles também têm o servidor DNS Premium do Godaddy, para que o GoDaddy seja um secundário para a zona também. O que significa que sua zona é tanto no sistema Godaddy quanto no Dyn.com.