Basta enviar a saída para outro local que não seja o seu terminal.
Se você estiver usando shells da família Bourne:
# make config
# make install >/dev/null 2>&1
Se você estiver usando uma variante C-shell:
# make config
# make install >&/dev/null
Você pode rotear a saída para um arquivo real em vez de /dev/null
caso algo dê errado e você precise revisar a saída.
Note que você precisa executar make config
separadamente para qualquer porta que requeira configuração (assim a pequena tela de menu / diálogo aparece).