apt-get autoremove eclipse funciona se você tiver instalado o aplicativo através do gerenciador de pacotes apt.
Por seus comentários, parece que você fez o download do pacote eclipse e extraiu-o no diretório inicial (Instalação manual).
Nesse caso, você pode excluir diretamente a pasta eclipse definida no seu diretório.
sudo rm -rf ~/eclipse
Coisas a ter em atenção para instalação personalizada
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Se você definiu
eclipsepara a linha de comando usando um link simbólico na pastabin, será necessário removê-lo manualmente. por exemplo:sudo rm /usr/local/bin/eclipse -
Se você criou um arquivo de atalho na área de trabalho, precisará excluí-lo separadamente.