Exclua padrões de correspondências também. Então tente assim:
$OPTIONS="-rl --exclude '*/Another Directory'"
rsync $OPTIONS $SOURCEDIR [email protected]:/SomeTargetDir
Veja este tutorial para obter mais detalhes.
EDIT # 1
Outra sugestão seria tentar escapar de aspas duplas em vez de usar aspas simples:
$OPTIONS="-rl --exclude \"Some Parent\ Directory/Another\ Directory\""
O OP tentou essa alternativa, mas ainda não funcionou para ele no caso dele. Ele funciona para mim no Linux usando a versão "3.0.8 protocol version 30" de rsync
.