A abordagem que eu verificaria seria tentar atualizar seu domínio Samba in-place do samba 3 para o Samba4, junte o Windows 2008 Server ao domínio do Samba4 como um controlador de domínio. Em seguida, transfira as funções FSMO para o Servidor 2008 da caixa Samba4 e remova a caixa Samba4. Acredito que isso deve preservar os SIDs do seu domínio.