Defina a raiz do documento como um diretório vazio e use um gerenciador de erros dinâmico para enviar uma resposta 410.
Exemplo:
$HTTP["host"] == "gone.example.com" {
server.document-root = "/var/www/gone"
server.error-handler-404 = "/gone.php"
}
Em que /var/www/gone/gone.php
contém algo como o seguinte:
<?php
header("HTTP/1.1 410 Gone");
header("Status: 410 Gone");