A primeira maneira que você fez a instalação foi usar a versão empacotada e pré-compilada do apache fornecida pela sua distribuição linux que se preocupa com as dependências e instala automaticamente os pacotes necessários para o apache funcionar.
A segunda maneira que você fez a instalação foi usando o código fonte fornecido pela fundação apache e você precisa cuidar de suas dependências de acordo com as recomendações / requisitos do manual.
A menos que você precise de uma versão particular do servidor, eu recomendo que você se atenha à versão fornecida pela sua distribuição linux, é mais fácil e evitará o incômodo de se preocupar com dependências, correções e atualizações.