Mudar para o modo transparente é bom. A transição é uma dor, mas acabará por acabar com muito menos riscos.
Altere os clientes para transparentes primeiro. Uma vez no modo transparente, confirme que a lista esperada de VLANs permanece (aguarde 5 minutos ou mais). Eu iria até sugerir a cópia das definições da VLAN em um buffer para voltar a colar, se necessário. Certifique-se de que a configuração esteja gravada na NVRAM !!
Mesmo executando em transparente, os domínios VTP precisam corresponder. Não mude.